Der Begriff Chemotyp (Ct. oder früher Chemodem) im engeren Sinne bezieht sich auf die „chemische Rasse“ von Pflanzen, die von Fachleuten eindeutig als identisch identifiziert wurden, die jedoch durch differierende Standorte (Höhe, Längen- und Breitengrad, also Winkel und Menge der UV-Licht-Einstrahlung sowie lokale Klima- und Bodenverhältnisse) völlig unterschiedliche Inhaltsstoffe entwickeln können. Unter den Ätherisch-Öl-Drogen ist dieser so genannte chemische Polymorphismus bei Pflanzen aus den Familien der Lippenblütler [Lamiaceae] und Myrtengewächsen [Myrtaceae] sowie bei Mitgliedern der Lorbeergewächse [Lauraceae] verbreitet: Pflanzen einer Art weisen unterschiedliche Inhaltsstoffprofile auf. Der hinter einem Pflanzennamen genannte Chemotyp ist also eine Art biochemische Beschreibung der individuellen Pflanze, er zeigt die therapeutisch relevante LEITSUBSTANZ an; er kann oft erst nach der Analyse der Inhaltsstoffe von Pflanzendestillaten oder -Extrakten per Gaschromatogramm und ähnlichen Methoden sicher bestimmt werden.

In der Forstbotanik ordnet man Koniferen mit gleichem oder ähnlichem Terpenmuster demselben Chemotyp zu, er wird dann auch Terpenotyp genannt. Die Abkürzung für Chemotyp lautet in Deutschland meist „Ct.“, oder der dominierende Inhaltsstoff, z. B. Thymol, steht hinter dem botanischen Namen. Im Französischen benutzt man für „Spécificité biochimique“ die Abkürzung „s.b.“, im Englischen „b.s.“ für „biochemical specificity“ oder auch „chemotype“ (Price & Price 1995).

In der französischen, medizinisch-therapeutisch geprägten Aromatherapie fasst man diesen Begriff etwas weiter, seit man durch Vergleiche von unterschiedlichen Thymianölen [Thymus vulgaris] in den sechziger Jahren entdeckte, dass diese Pflanze stark auf Standorteinflüsse reagiert (Franchomme 1990). Deren ätherisches Öl kann ein mildes, blumig duftendes Antiseptikum sein, das auch allerempfindlichste Menschen gut vertragen. Es kann jedoch auch ein haut- und schleimhautreizendes, penetrant riechendes ‚Breitband-Antibiotikum‘ sein, das nur von gut geschulten Medizinern verabreicht werden sollte. Für die zuverlässige Überprüfung der keimtötenden Wirkung macht man in Frankreich – analog zum Antibiogramm – so genannte Aromatogramme, in denen man Sputum oder sonstige Absonderungen des Patienten kultiviert und anschließend mit in Frage kommenden Ölen oder Ölmischungen versieht. Das Öl, das die stärkste keimtötende Aktivität zeigt, wird in den Behandlungsplan einbezogen (Belaiche 1979).

Die einzelnen therapeutischen Eigenschaften eines bestimmten ätherischen Öles, beispielsweise von Thymus vulgaris, unterscheiden sich also je nach Chemotyp. Je nach Art und Menge der Leitsubstanz – die nicht zwangsläufig den prozentuell höchsten Anteil ausmachen muss – kann es sogar zu unerwünschten Nebenwirkungen kommen, während ein anderer chemischer Schwerpunkt eines Öles aus einer gleichnamigen Pflanze keinerlei Gefahr bedeutet. Vor allem bei den häufig verwendeten Ölen von Thymian [Thymus vulgaris], Rosmarin [Rosmarinus officinalis] und bei den Ölen der verschiedenen Kampferbäume [Cinnamomum camphora: Kampfer, aber auch Ravintsara- und Ho-Blätter-Öl] können die Unterschiede erheblich sein. Es ist deshalb für den Behandler sehr wichtig, den exakten botanischen Namen samt Chemotyp zu wissen und auch die Öle den jeweiligen Konstitutionen der Patienten anzupassen. Bei klinischen Studien und auch bei Laborstudien ist es sogar unerlässlich, dass der Chemotyp der verwendeten Öle untersucht und mit angegeben wird, ansonsten sind die Ergebnisse nicht reproduzierbar.

Gelegentlich werden in der Aromatherapie ähnliche – botanisch nicht identische – Pflanzen mit der Unterscheidung nach Chemotypen versehen, beispielsweise Eucalyptus globulus Ct. Cineol und Eucalyptus citriodora Ct. Citronellal (Eukalyptus-Öle), Thymus vulgaris Ct. Thymol und Thymus mastichina Ct. Cineol/Linalool (Thymian-Öle) oder Mentha Ct. Menthol/Menthon und Mentha Ct. Linalylacetat (Minze-Öle), so dass der Behandler die Leitsubstanz auf den ersten Blick erkennen kann, ohne dass er sich in der botanischen Nomenklatur gut auskennen muss.